技術(shù)文章
TECHNICAL ARTICLES艾柏森生物科技有限公司作為值得信賴的抗體研發(fā)服務(wù)供應(yīng)商,擁有專業(yè)的技術(shù)團(tuán)隊(duì),可為客戶提供的抗體測序服務(wù)。艾柏森生物打造的全新一代抗體測序平臺(tái),基于蔦槍法與抗體數(shù)據(jù)庫相結(jié)合的技術(shù)“Database Assisted Shotgun Sequencing”(DASS)技術(shù),這項(xiàng)技術(shù)還適用于其他亞型和不同形式的抗體,如:IGM,熒光偶聯(lián)抗體,固定化抗體,不同物種的抗體等。
等重氨基酸測序
與其它基于MS測序方法不同的是,我們可以分辨大多數(shù)等重氨基酸復(fù)合物
★ W可與GE、AD、SV區(qū)分
★ R可從GV中區(qū)別出來
★ Q可從GA、K中區(qū)別出來
★ N可從GG中區(qū)別出來
Figure 1.Workflow of Service
運(yùn)用DASS技術(shù)對(duì)V、J、C片段測序
目前已有的一些數(shù)據(jù)庫(如NCBI)雖包含抗體V、J、C片段序列,但是在抗體成熟的過程中,一個(gè)B細(xì)胞中的抗體基因要經(jīng)過體細(xì)胞突變的過程才會(huì)產(chǎn)生高親和力的成熟抗體。
我們采用*的計(jì)算方法,并能匹配相應(yīng)物種的突變肽段,保證每條肽段都會(huì)被檢測到,且每一個(gè)氨基酸位點(diǎn)都會(huì)生成20-7-條MS/MS光譜,對(duì)難測序的proline和arginine的肽段也可實(shí)現(xiàn)測序。
Figure 2.Sequence coverage is verified with the integrity of the combination of multipleLC-MS/MS datasets
CDR3區(qū)測序
抗體輕鏈的CDR3去多由胚系基因編碼,而重鏈的CDR3區(qū)則由D基因編碼,D基因大部分區(qū)域由于受到核酸酶及末端轉(zhuǎn)移酶等重組酶的作用而發(fā)生基因重排,導(dǎo)致抗體重鏈CDR區(qū)在數(shù)據(jù)庫中無法進(jìn)行同源對(duì)比,而只能對(duì)其進(jìn)行de novo測序。高質(zhì)量的質(zhì)譜數(shù)據(jù)與高效率的數(shù)據(jù)挖掘算法的結(jié)合,使我們對(duì)抗體CDR3區(qū)域的解讀更為有力,我們可以測得數(shù)據(jù)庫中無同源序列的20kDa的蛋白質(zhì)。
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